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r30 - 16 Oct 2013 - 09:23:40 - AlvaroFernandezYou are here: TWiki >  ECiencia Web  >  GridCSICMain > SoftwareGRIDCSIC

Titulo del Topic

Software General

Está disponible un espacio en lustre que alberga software de carácter interdisciplinar bajo la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/

Todo el software instalado bajo esta dirección dispone de las últimas versiones (seleccionables) y está instalado para poder trabajar en entornos con SL4 y con SL5. De modo que se define la variable "ARCH" para seleccionar la arquitectura, en nuestro caso:

export ARCH='slc5_amd64_gcc41'

ROOT

ROOT es una framework de análisis de datos (más información). Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/root

Para poder usar ROOT en el User Interface (ui05.ific.uv.es) debes usar la siguientes variables de entorno:

    export ROOT_VER=5.28.00
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export ROOTSYS=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/root/$ROOT_VER/$ARCH/root
    export PATH=$PATH:$ROOTSYS/bin
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib

Geant4

Geant4 es una framework para la simulación del paso de partículas a través de la materia. Entre sus aplicaciones destacan la física de altas energías, física nuclear y física de aceleradores así como la física médica y física del espacio. Más información aquí. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/geant4

Para poder usar Geant4 en un User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export G4_VER='geant4.9.3'
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export G4WORKDIR=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/geant4/$G4_VER/$ARCH/
    source /lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/geant4/$G4_VER/$ARCH/env.sh

La variable "G4WORKDIR" puede cambiarse según las preferencias del usuario.

Visualizador DAWN

DAWN es un visualizador para Geant4 (más información). Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/dawn

Para poder usar DAWN con Geant4 en el User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export DAWN_VER='3_88a'
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export PATH=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/dawn/${DAWN_VER}/${ARCH}:$PATH

iAIDA y JAIDA

iAIDA y JAIDA son una implementación en C++ y en java, respectivamente, de las Interfaces abstractas de AIDA (Abstract Interfaces for Data Analysis) para análisis de datos. iAIDA y JAIDA están disponibles desde las rutas:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/iaida
/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/jaida

Para poder usar AIDA debes usar la siguientes variables de entorno:

    export AIDA_VER='1.0.17'
    export JAIDA_VER='3.3.0-6'
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export AIDA_HOME=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/iaida/${AIDA_VER}/${ARCH}
    export PATH=${AIDA_HOME}:$PATH
    export JAIDA_HOME=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/jaida/${JAIDA_VER}
    source $JAIDA_HOME/bin/aida-setup.sh

PYTHIA

PYTHIA es un programa de generación de eventos de high-energy physics (HEP), el cual porporciona una completa descripción de colisiones a alta energía entre partículas elementales. Más información aquí. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/pythia

varias versiones disnibles siendo la última: PYTHIA 8180

Para poder usar PYTHIA (y FastJet) en un User Interface debes usar la siguientes variables de entorno, actualizando las versiones y compilador a utilizar:

    export PYTHIA_VER="8120"
    export FASTJET_VER=2.4.1
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export PYTHIAPATH=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/pythia/${PYTHIA_VER}/${ARCH}
    export FASTJETLOCATION=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/fastjet/${FASTJET_VER}/${ARCH}
    export PYTHIA8DATA=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/pythia/${PYTHIA_VER}/${ARCH}/xmldoc

FASTJET

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/fastjet

varias versiones disnibles siendo la última: FASTJET 3.0.5

referirse a la seccion PYTHYA para su utilización.

Mathematica

Mathematica es un paquete de software para computación, modelado, simulación, visualización, desarrollo, documentación e implementación de algoritmos. Más información aquí. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/mathematica

Para poder usar Mathematica (y FastJet) en el User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

   export MATH_VER="7.0"
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
   export MATH_PATH="/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/mathematica/${MATH_VER}"
   export PATH="$MATH_PATH/bin:$MATH_PATH/AddOns/Applications:$PATH"

Librerias

GSL

GSL (GNU Scientific Library) es una librería numérica para C y C++. Más información: GSL webpage Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gsl

Para poder usar las librerías GSL en el User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export GSL_VER=1.14
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export GSL_LIB_DIR = /lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gsl/$GSL_VER/$ARCH/lib
    export GSL_INC_DIR = /lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gsl/$GSL_VER/$ARCH/include/gsl

CLHEP

CLHEP (Class Library for High Energy Physics) es una libreria escrita en C++ que provee una serie de algoritmos prefabricados (organizados en clases) para la programación numérica general, aritmética vectorial, generación numérica pseudo-aleatoria y de algebra lineal, enfocada principalmente para ser utilizada en programas de simulación y análisis de altas energías (más información). Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/clhep

Para poder usar las librerías CLHEP en el User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export CLHEP_VER=2.0.4.5
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export CLHEP_BASE_DIR=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/clhep/$CLHEP_VER/$ARCH/
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/l/cescobar/software/CLHEP/$CLHEP_VER/$ARCH/lib

CERNLIB

Las librerias CERNLIB son una extensa colección de librerias de propósito general para computación matemática, análisis de datos, simulación de detectores, administración y gestión de datos, etc. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/cernlib

Software Específico

Física Médica

Gate

Gate es un software usado por el grupo de Física en la Imagen Médica para simular Emission Tomography (PET y SPECT) y Computed Tomography (CT). Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gate

Para poder usar Gate en un User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export GATE_VER=5.0.0
    export ROOT_VER=5.28.00
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export ROOTSYS=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/root/$ROOT_VER
    export GATEHOME=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gate/${GATE_VER}/${ARCH}
    export PATH=$ROOTSYS/bin:$GATEHOME/bin/Linux-g++:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=$ROOTSYS/lib:$GATEHOME/tmp/Linux-g++/Gate:$LD_LIBRARY_PATH 
    source /lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/gate/${GATE_VER}/${ARCH}/env_gate.sh

Es necesario tener instalado Geant4, ROOT y las librerias CLHEP y LMF para poder ejecutar Gate. Además, cada versión de Gate es compatible con una versión concreta de cada uno de los paquetes de software citados anteriormente.

Libreria: LMF

La libreria LMF (List Mode Format) es usada por Gate para almacenar de forma eficiente toda la información de eventos del ClearPET para animales pequeños. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/lmf

Para poder usar las librerias LMF en un User Interface debes usar la siguientes variables de entorno:

    export LMF_VER=3.0
    export ARCH='slc5_amd64_gcc41'
    export LMF_HOME=/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/lmf/$CLHEP_VER/$ARCH/

Antares

Calibob

Calibob es un software de simulación de los procesos físicos relacionados con el detector Antares. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/calibob

antares-daq

Framework de análisis. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/antares-daq

aafit

Software de reconstrucción de trazas, versión v0r6. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/aafit

Physics

Librerías de análisis específicas. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/Physics

SRB

Cliente de acceso remoto. Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/SRB

GSL

Librerías numéricas (versión específica para Antares). Está disponible desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/ANTARES/gsl

SLHC

SLHC Release Kit

Versión "congelada" de Athena (framework de ATLAS) desarrollado específicamente para el upgrade del LHC. Está disponible únicamente para SLC4 desde la ruta:

/lustre/ific.uv.es/sw/ific/sw/SLHC/group_area/AtlasReleases/slc4_amd64_gcc34

Más información en la twiki: UpgradeAthenaG4Mig

Solicitar la instalación de software

Para solicitar la instalación de nuevo software o de nuevas versiones del software actual, enviar una solicitud en el sistema de tickets: https://irt.ific.uv.es/index.html

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